بدأت الدراسات العليا في جامعة الأحقاف في 17/ 10/ 1998م بتأهيل سبعة طلاب لنيل درجة الماجستير في اللغة العربية. وقد شهدت الكلية تطورا ملموسا في السنوات التالية بافتتاح قسمي الشريعة والتربية, ثم قسم القانون, وأخيرا أقسام الإدارة والمحاسبة والحاسوب.
تقوم هذه الكلية بالإشراف على تنفيذ سياسة الجامعة فيما يتعلق بالدراسات العليا, ولديها الكثير من الأنشطة التي يتم إنجازها من خلال لجانها الأكاديمية ووحداتها الإدارية.
وتتضمن هذه الأنشطة مراجعة وتطوير اللوائح والنظم في طلبات القبول في البرامج المعتمدة, وتسجيل الطلاب, وإجراء الامتحانات, وإعداد النتائج.